El Padre Pro regresó a un México devastado. El pueblo cristiano resistía los abusos de gobierno; ante lo cual el presidente Calles había decidido gobernar con mano de hierro. Llegó, pues, a la capital, ciudad que se convertiría en su parroquia y, cuyos parroquianos vivirían como en catacumbas, siempre en secreto, en escondite continuo, huyendo de la policía.
Lo primero que hizo fue encontrar a su padre y a sus hermanos. Luego planeó la orientación del terreno y el método de operación. Y, enseguida puso manos a la obra. Implementó cada truco que había aprendido, cada disfraz para poder llevar a Cristo a las almas en medio de la severa persecución. Le era necesario estar en continuas artimañas para lograr evadir a la policía. Organizó Estaciones de Comunión a lo largo de toda la ciudad; estas eran casas donde los fieles venían a recibir al Señor en la Eucaristía. Los primeros viernes, el número de comuniones sobrepasaba los 1,200.
Se celebraban Misas por toda la ciudad antes del amanecer, se apostaban vigilantes por si llegaba la policía, con claves que cambiaban constantemente, etc. Se juntaban los ricos y los pobres en unos cuartos pequeños para adorar al Señor y recibirlo de manos de los sacerdotes. Los que querían confesarse, tenían que llegar a los lugares señalados, antes de la Misa; algunas veces a las 5:30 a.m. Era realmente una Iglesia de catacumbas, como la de los primeros cristianos. Un verdadero testimonio de la fe.
Respecto a la grave enfermedad que padecía el Padre Pro y que incluso lo había llevado a hospitales y casas de convalecencia, le escribe a su Superior Provincial: "Aquí el trabajo es continuo y arduo. Únicamente puedo admirarme del gran Jefe que me permite llevarlo a cabo. ¿Enfermedad? ¿Quejas? ¿Que si me cuido? Ni siquiera tengo tiempo para pensar en semejantes cosas; y a la vez me siento tan bien y tan fuerte, que de no ser por pequeños, pequeñísimos atrasos, bien podría seguir así hasta el fin del mundo... Estoy disponible para cualquier cosa, pero, si no hay objeción, solicitaría el poder quedarme aquí".
En este escrito se nota el gran amor que animaba el corazón del P. Pro: la dependencia de Dios; el olvido propio en medio del dolor físico y del peligro; el celo por el Señor y por su gente; y su obediencia a los superiores, representantes auténticos de la Voluntad Divina para un religioso.
El presidente Calles y la policía trataban de acabar con estas organizaciones secretas. Arrestaban a los católicos practicantes y en especial a sus líderes, los torturaban y mataban.