Entró a la carrera militar, pero en 1521, a la edad de 30 años, siendo ya capitán, fue gravemente herido mientras defendía el Castillo de Pamplona. Al ser herido su jefe, la guarnición del castillo capituló ante el ejército francés. Los vencedores lo enviaron a su Castillo de Loyola a que fuera tratado de su herida. Le hicieron tres operaciones en la rodilla, dolorosísimas, y sin anestesia; pero no permitió que lo atasen ni que nadie lo sostuviera. Durante las operaciones no prorrumpió ni una queja. Los médicos se admiraban. Para que la pierna operada no le quedara más corta le amarraron unas pesas al pie y así estuvo por semanas con el pie en alto, soportando semejante peso. Sin embargo quedó cojo para toda la vida.
A pesar de esto Ignacio tuvo durante toda su vida un modo muy elegante y fino para tratar a toda clase de personas. Lo había aprendido en la Corte en su niñez.
Mientras estaba en convalecencia pidió que le llevaran novelas de caballería, llenas de narraciones inventadas e imaginarias. Pero su hermana le dijo que no tenía más libros que "La vida de Cristo" y el "Año Cristiano", o sea la historia del santo de cada día.
Y le sucedió un caso muy especial. Antes, mientras leía novelas y narraciones inventadas, en el momento sentía satisfacción pero después quedaba con un sentimiento horrible de tristeza y frustración . En cambio ahora al leer la vida de Cristo y las Vidas de los santos sentía una alegría inmensa que le duraba por días y días. Esto lo fue impresionando profundamente.
Y mientras leía las historias de los grandes santos pensaba: "¿Y por qué no tratar de imitarlos? Si ellos pudieron llegar a ese grado de espiritualidad, ¿por qué no lo voy a lograr yo? ¿Por qué no tratar de ser como San Francisco, Santo Domingo, etc.? Estos hombres estaban hechos del mismo barro que yo. ¿Por qué no esforzarme por llegar al grado que ellos alcanzaron?". Y después se iba a cumplir en él aquello que decía Jesús: "Dichosos los que tienen un gran deseo de ser santos, porque su deseo se cumplirá" (Mt. 5,6), y aquella sentencia de los psicólogos: "Cuidado con lo que deseas, porque lo conseguirás".