Como las fuentes sobre Crisóstomo dan una cronología incompleta de su vida, no podemos sino determinar aproximadamente las fechas para este período Antíoco. Muy probablemente a comienzos de 381 Melecio lo ordenó diácono, antes de su propia partida hacia Constantinopla, donde murió como presidente del Segundo Concilio Ecuménico de Constantinopla. El sucesor de Melecio fue San Flaviano. Lazos de simpatía y amistad ligaban a Crisóstomo con su nuevo obispo. Como diácono tuvo que asistir en las funciones litúrgicas, cuidar a enfermos y pobres, y probablemente fue encargado en alguna medida de enseñar a los catecúmenos. Al mismo tiempo continuó con su trabajo literario En el año 386 Crisóstomo fue ordenado sacerdote por San Flaviano, y desde allí data su real importancia en la historia eclesiástica.
Su principal tarea durante los siguientes doce años fue la de predicar, lo que debía ejecutar con el Obispo Flaviano, o en lugar del mismo. Pero no hay dudas que gran parte de la instrucción religiosa popular y la educación recayeron sobre él.