Alrededor del año 1650, unos negros angolas pertenecientes a la cofradía del barrio de Pachacamilla, en Lima, Perú, pintaron en uno de los muros del galpón donde se reunían, y donde quizá también habitaban, la imagen de un Cristo crucificado. En este lugar, hoy en día se erige el Monasterio de las Nazarenas, casa del Señor de los Milagros, llamado también de la Santa Cruz pues en 1674 se pintó una cruz como símbolo de protección, ante las amenazas de invadir Lima el pirata Jacobo L´Hermite Clerk.
Un 13 de noviembre del año 1655 un poderoso terremoto sacudió la ciudad de Lima sin causar daños ni al muro ni a la imagen del Cristo crucificado pintada en él por los angolas.
Este hecho prodigioso fue el que dio comienzo al culto popular al Señor de los Milagros, propagándose rápidamente entre la feligresía local pero sin la autorización del párroco del templo de San Marcelo, razón por la cual éste solicitó a la autoridad eclesiástica inmediata superior que se demoliera el muro a fin de evitar cualquier acto profano.
Sin embargo, la destrucción no pudo llegar a cumplirse debido a circunstancias fuera de lo común, quedando en pie el muro y la pintura del Cristo continuó ganando el prestigio y el favor del pueblo.
En el año 1661 Antonio de León se interesó por la imagen del Cristo Crucificado pintado por los negros angolas; el muro estaba en mal estado, ya que tras él corría una acequia que había debilitado su base. De León mejoró las instalaciones del sitio y construyó un apoyo a modo de altar, el cual sirvió también para reforzar la base dañada de la pared. Este hombre padecía de un tumor maligno y cada vez que visitaba el sitio pedía la gracia de curarse, hasta que la consiguió. Años después, Sebastián Antuñano, el tercer Mayordomo y el gran artífice del culto al Cristo Morado, compró el lugar y levantó una capilla.