Estando encargado del santuario el Padre Benedicto Bonilla de (1842 a 1866), se pidió a Francia un altar de plata con planos del arquitecto Zipaquireño José María Mesa, pero no llegò completo. Por otra parte era deseo de los Dominicos que se levantase a Nuestra Señora un trono hecho en materiales nacionales.
En 1902, los padres descubrieron en la Villa de Leiva una mina de mármol, e inmediatamente dieron mano a conseguir la maquinaria para la explotación y a construir el camino para levar el mármol a Chiquinquirá en carros de bueyes.
Con planos del arquitecto Antonio Cortes Mesa, se iniciaron los trabajos de construcción el 2 de Julio de 1904, y pudo ser consagrado el 24 de Diciembre de 1908 por el Arzobispo Primado D. Bernardo Herrera Restrepo.
El altar tiene doce metros de altura. Es de orden corintio.
En forma de baldaquino, se levanta sobre una plataforma de tres gradas, amplia base con tres mesas donde se celebraron misas hasta la reforma del Vaticano II, y ocho esbeltas columnas. Lo rematan tres ángeles dorados, de tamaño natural, que llevan emblemas alegóricos a los misterios del rosario. Sobre la cornisa del frente están apoyados dos angelitos que sostienen el anagrama de “María”. En medio está suspendido el milagroso cuadro de Nuestra Señora entre nubes de plata y rayos dorados.