En el Evangelio vemos a Jesús como "el que salvará a su pueblo de sus pecados" (Mt. 1,21). Es Jesús mismo el que perdona al paralítico y a la pecadora.
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Jesús comunica su poder de perdonar a sus Apóstoles. Así como Dios Padre le ha dado todo a Jesús, así también Jesús comunica a la Iglesia, ese poder perdonador que de El emanaba para regenerar a los hombres. "A quien perdonéis los pecados, le quedan perdonados" afirma textualmente el Evangelio, (Jn 20, 23).
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La Iglesia por medio de sus ministros en el nombre de Jesús otorga el perdón tal como lo hacía Jesús.
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En la Iglesia primitiva, la Penitencia se convirtió en una tabla de salvación para el pecador bautizado. Pero se propagó la práctica de limitar el frecuente acceso al sacramento para evitar abusos. San Juan Crisóstomo se veía reprochado por sus adversarios por otorgar sin cansarse la penitencia y el perdón de los pecados a los fieles que venían arrepentidos.
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En el siglo III, el rigor del que hablábamos da paso a excesos y herejía. Se propaga la herejía de Montano, que predicaba que el final del mundo estaba cerca y decía: "La Iglesia puede perdonar los pecados, pero yo no lo haré para que los demás no pequen ya". Tertuliano y muchos otros se adhieren al "montanismo".
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Con grandes dificultades, la Iglesia superó esta herejía, poniendo en claro el estatuto del penitente y la forma pública y solemne en que debía desarrollarse la disciplina sacramental de la penitencia.
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Después que la Iglesia impusiera la penitencia, los pecadores se constituían en un grupo penitencial u "orden de los penitentes". Los pecados no se proclamaban en público, pero si era pública la entrada al grupo ya que se hacía ante el obispo y los fieles.
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El "orden de los penitentes" mantenía un tiempo largo de renuncia al mundo, semejante al de los monjes más austeros. Según la región, los penitentes llevaban un hábito especial o la cabeza rapada.
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El obispo fijaba la medida de la penitencia. "a cada pecado le corresponde su penitencia adecuada, plena y justa". Se fijaban las obligaciones penitenciales por medio de concilios locales, ej. Elvira, en España o Arlés, en Francia. Las obligaciones penitenciales eran de tipo general, litúrgicas y las estrictamente penitenciales, como la vida mortificada, ayunos, limosnas y otras formas de virtud exterior.
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En la práctica ocurría que la gente iba posponiendo el tiempo de penitencia hasta la hora de la muerte, haciendo de la penitencia, un ejercicio de preparación para bien morir, porque solo podía ser ejercitada una vez.
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El proceso penitencial equivalía a un verdadero estado de excomunión. Hasta que el penitente no fuera reconciliado, no podía acercarse a la Eucaristía. El término del proceso penitencial era la reconciliación con la Iglesia, signo de la reconciliación con Dios.
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A partir del sigloV se realizaba la reconciliación el Jueves Santo, al término de una cuaresma que, de por sí, ya es un ejercicio penitencial.
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El obispo acogía e imponía las manos a los penitentes, en signo de bendición. La plegaria de los fieles era el eco comunitario de esta reconciliación.
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Mientras, en las Islas Británicas, especialmente en Irlanda, se iba abriendo paso a un nuevo procedimiento de reconciliación con penitencia privada con un sacerdote y utilizando los famosos manuales de pecados (penitenciales), confeccionados por algunos Padres de la Iglesia, como San Agustín o Cesareo de Arlés. Desde las Iglesias Celtas, esta forma de penitencia se propaga por Europa.
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Los manuales penitenciales establecían la penitencia según el pecado cometido y fueron muy importantes para evitar el "abaratamiento del perdón" y el relajamiento del compromiso cristiano. Ayudaron también a desenmascarar las herejías de los siglos III al VII. Delimitaban que cosa es pecado grave, fruto de la malicia y que es pecado leve, cometido por debilidad o imprudencia.
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Se renuncia al principio de otorgar la reconciliación una sola vez en la vida.
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Concilio de Trento reiteró la fe de la Iglesia: la confesión de los pecados ante los sacerdotes, es necesaria para los que han caído (gravemente) después del Bautismo.
La confesión íntegra, por parte del penitente, y la absolución, por parte del sacerdote que preside el Sacramento y que hace de mediador del juicio benévolo y regenerador de Dios sobre el pecador, vienen siendo las dos columnas de la disciplina del Concilio de Trento hasta nuestros días, (Código de Derechos Canónicos, Canon 960)