El 23 de julio de 1991, San Juan Pablo II promulgó una bula por la que restauró la Diócesis de Alcalá de Henares, desgajada de la Archidiócesis de Madrid, de la que quedó como sufragánea desde entonces. 

Con esta decisión, la zona este de la Comunidad de Madrid pasó a formar parte de la nueva diócesis, cuyos orígenes se remontan al siglo V de la era cristiana, cuando Asturio, Obispo de Toledo, tuvo una revelación sobre el lugar donde estaban enterrados los Santos Niños Justo y Pastor, cerca de la ciudad de Complutum

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Los Santos Justo y Pastor padecieron el martirio durante la persecución del emperador Diocleciano un siglo antes cuando contaban con 7 y 9 años respectivamente. Según la tradición, sus padres también fueron santos. 

Sus restos fueron preservados de la invasión musulmana de la Península Ibérica a partir del siglo VIII, primero en Huesca y luego en Narbona (Francia). Desde el siglo XVI algunas reliquias regresaron a Alcalá, quedando la mayor parte en Huesca. 

El Obispo Asturio mandó edificar una iglesia en el lugar señalado y estableció la nueva diócesis en el año 412 que se convirtió en centro de peregrinación por la devoción hacia los Santos Niños. 

Según se refleja en el sitio web de la Diócesis de Alcalá de Henares, en 1088 se integró en el Arzobispado de Toledo, hasta que en 1885 formó parte de la Archidiócesis de Madrid-Alcalá.

En la bula In hac beati Petri cathedra, cuyo texto original en latín se puede leer en el sitio web del Vaticano, se deja constancia de que fue el Cardenal Ángel Suquía, entonces Arzobispo de Madrid, quien solicitó que se llevara a cabo la división, que fue aceptada con el apoyo del Nuncio Apostólico, Mons. Mario Tagliaferri, y de la entonces Congregación para los Obispos, hoy dicasterio. 

Además, se citan las más de 50 localidades que comprende la nueva Diócesis de Alcalá de Henares, a la que se reconoce el apelativo de “complutense”, en recuerdo de la ciudad romana de Complutum. En consecuencia, la antigua Archidiócesis de Madrid-Alcalá perdió el nombre compuesto. 

Tras establecer algunas orientaciones canónicas sobre la constitución de la nueva circunscripción se establece que, en el momento de constitución de la diócesis, “se consideraran adscritos a dicha Iglesia los sacerdotes que ostentan en su territorio un oficio eclesiástico; los demás sacerdotes y los alumnos del Seminario permanecerán incardinados o se incardinarán a la Iglesia en cuyo territorio tienen domicilio legítimo”. 

Asímismo, se estableció un plazo de 5 años para posibles cambios en este ámbito, con consentimiento de los obispos interesados y previa alegación de “causa justa”.

La Diócesis de Alcalá de Henares cuenta en la actualidad con unos 180 sacerdotes (una treintena ya jubilados) que atienden 94 parroquias. 

Su primer obispo fue Mons. Manuel Ureña, al que sucedió Mons. Jesús Catalá entre 1999 y 2008. Mons. Juan Antonio Reig asumió la sede complutense en 2009, donde ha permanecido hasta 2022, cuando ha pasado a la condición de Emérito. El actual obispo, Mons. Antonio Prieto, fue consagrado en la Catedral Magistral de Alcalá en junio de 2023.