En el pontificado del Beato Pío IX (1846-1878), cuya fiesta se celebra cada 7 de febrero, las ideologías e intereses político-militares en Europa hicieron que el Papa viviera una época de cambios radicales que lo obligaron incluso a escapar de Roma para salvar su vida.
Las ideas anticlericales, liberales y que consideraban a las regiones de Italia como una sola nación cobraban más fuerza.
En el Piamonte (al norte), por ejemplo, se suprimieron monasterios, las órdenes religiosas fueron expulsadas y varios obispos fueron arrestados. En otros gobiernos europeos los concordatos (acuerdos con el papado) fueron abolidos.
En 1848, el Papa nombró como primer ministro de los Estados Pontificios al laico y economista Pellegrino Rossi, quien fue asesinado. Además, los revolucionarios realizaron disparos contra el entonces Palacio Papal del Quirinal en Roma, matando al secretario personal del Papa.
Pío IX decidió huir disfrazado y se fue hasta Gaeta, al sur de Roma. Retornó en 1850 con ayuda de algunos príncipes católicos e intervención francesa. No obstante, perdió los Estados Pontificios y su autonomía y libertad se vieron amenazadas, por lo que se proclamó "prisionero".
Durante su misión al servicio de la Iglesia, convocó al Concilio Vaticano I, en el que se buscó defender la fe y contrarrestar los errores del racionalismo, el materialismo y los ateísmos modernos.