Tras su fracaso electoral, Daniel Ortega –que entonces lideraba la oposición– aparentemente hizo las paces con la Iglesia Católica. En julio de 2003, el exguerrillero pidió perdón por los "excesos" y "errores" de su gobierno contra los católicos en la década de 1980.
En junio de 2004, Ortega propuso nominar al Cardenal Miguel Obando Bravo para el Premio Nobel de la Paz, "en reconocimiento a su lucha por la reconciliación nacional" y la firma de los acuerdos de paz que pusieron fin a la guerra civil.
Ese mes, el Cardenal Obando aceptó el pedido de Ortega de presidir la Misa auspiciada por el sandinismo por los miles de muertos de la guerra civil.
En julio de 2004, en el marco de los 25 años de la revolución sandinista, Daniel Ortega pidió perdón en público por los atropellos contra la Iglesia Católica durante su primer gobierno y se refirió explícitamente a Mons. Carballo.
Daniel Ortega vuelve al poder en 2007
Daniel Ortega ganó las elecciones de 2006 con el 38% de los votos gracias a una reforma electoral que rebajó el porcentaje para obtener la presidencia al 35% de los votos si es que hay un 5% de margen sobre el segundo lugar.
En febrero de 2007 Ortega invitó al Cardenal Obando, entonces Arzobispo Emérito de Managua y con 81 años de edad, a presidir el Consejo Nacional de Reconciliación y Paz creado por su nuevo gobierno. El Purpurado aceptó el cargo a "título personal" y tuvo el respaldo del Episcopado.
Sin embargo, en septiembre de 2008, el Obispo de Matagalpa, Mons. Jorge Solórzano, advirtió que las relaciones con el gobierno parecían amables, pero se anticipaban medidas contra la labor de la Iglesia como la eliminación de las subvenciones del Estado para las escuelas católicas.
En noviembre de ese año, estalló nuevamente la violencia en el país tras las denuncias de fraude en las elecciones municipales que dieron el 62% de las alcaldías de todo el país al FSLN. Los obispos hicieron un enérgico llamado a la paz.
Daniel Ortega vuelve a atacar a la Iglesia Católica
A inicios del año 2009 comenzaron de nuevo las tensiones entre el gobierno sandinista y la Iglesia Católica. A finales de abril, se envió a los medios de comunicación, desde un correo electrónico de la Presidencia de Nicaragua, un documento que calificó a los obispos nicaragüenses de corruptos suscitando una reacción formal del Episcopado.
En junio, Daniel Ortega trató de silenciar las críticas que varios obispos expresaron sobre su gobierno llamándolos a orar en vez de opinar sobre política. Los prelados respondieron que no basta con rezar si no se trabaja por la justicia.
En abril de 2010, cuando se debatía la posibilidad de que Ortega postule a la reelección en 2011, los obispos llamaron al país a dialogar y denunciaron los "actos de transgresión" a la Constitución que justamente prohibía la reelección presidencial inmediata.
Sin embargo, la Corte Suprema de Justicia, con miembros sandinistas, permitió a Daniel Ortega participar en los comicios del 6 de noviembre de 2011.
En ese contexto, el Obispo Auxiliar de Managua, Mons. Silvio José Báez, advirtió que Nicaragua iba camino "a un totalitarismo visible o encubierto" y pidió la presencia de observadores internacionales.
Por su parte, el secretario del Episcopado, Mons. Sócrates René Sandigo, dijo que con esta postulación el país carecía de Estado de derecho y que había crecido la desconfianza en la población.
Casi un mes antes de las elecciones, varios obispos denunciaron que recibieron amenazas.
El líder sandinista ganó los comicios con más del 62% de los votos emitidos, en medio de denuncias de fraude. El informe del Centro Carter dijo que, según las valoraciones de observadores nacionales e internacionales, las elecciones "no fueron transparentes".
En un comunicado, el Episcopado señaló que la legitimidad de los resultados ha quedado "totalmente en entredicho".
Iglesia Católica se opone a la reelección indefinida
Luego de su tercer periodo, en el que también hubo fricciones con los obispos, Daniel Ortega decidió postular a un cuarto mandato.
En enero de 2014, la mayoría sandinista en la Asamblea Nacional aprobó la reforma constitucional para permitir la reelección indefinida de Ortega. Esto fue criticado por los obispos. El Parlamento también dio a la Presidencia la facultad de emitir decretos con fuerza de ley.
En junio de 2016, el Episcopado llamó a Daniel Ortega a garantizar que las elecciones del 6 de noviembre fueran transparentes y con presencia de observadores nacionales y extranjeros.
Sin embargo, Ortega ganó los comicios nuevamente bajo denuncias de fraude.
"Somos una Iglesia perseguida"
La actual crisis en Nicaragua se inició en abril de 2018, durante el cuarto periodo de Daniel Ortega. La reforma del sistema de salud y de pensiones detonó numerosas protestas en todo el país, que fueron reprimidas con violencia por la policía y durante las cuales, numerosos obispos y sacerdotes recibieron amenazas de muerte.
En este contexto, el Arzobispo de Managua, Cardenal Leopoldo José Brenes; su Obispo Auxiliar, Mons. Silvio José Báez; y el Nuncio Apostólico, Mons. Waldemar Somertag fueron golpeados mientras realizaban una visita pastoral en la Basílica Menor de San Sebastián de Diriamba, a 41 kilómetros de la capital.
El 13 de julio de 2018 policías y paramilitares atacaron a balazos la parroquia Divina Misericordia de Managua, donde se habían refugiado jóvenes que habían protestado contra el régimen.
En su cuenta de Twitter, Mons. Báez condenó la "represión criminal" contra civiles y pidió a la comunidad internacional no ser indiferente. El Prelado dijo que "estamos empezando a ser ya una Iglesia perseguida".
Poco después, la Iglesia Católica aceptó participar una vez más como mediadora en el diálogo nacional para resolver la crisis que ya había dejado cientos de muertos pero las negociaciones se suspendieron.
En 2019 hubo otro intento de diálogo entre el gobierno y la oposición, pero esta vez la Conferencia Episcopal de Nicaragua desistió de participar y pidió que sean "los laicos los que asuman directamente la responsabilidad" de este proceso.
En marzo de 2019, el Papa Francisco recibió a Mons. Báez en audiencia privada en el Vaticano. Dos semanas después el Cardenal Brenes informó que el Pontífice pidió a Mons. Báez mudarse a Roma. Actualmente el Obispo vive en Estados Unidos.
Un año después, el 31 de julio de 2020 ocurrió uno de los ataques más simbólicos contra la Iglesia. Un desconocido ingresó a una de las capillas de la Catedral de Managua y lanzó una bomba incendiaria que destruyó la famosa imagen de la Sangre de Cristo, un crucifijo de 382 años muy querido por los nicaragüenses.
Nicaragua llegó a las elecciones presidenciales del 7 de noviembre de 2021 con los principales candidatos opositores encarcelados. Días antes, el Episcopado dijo que cada ciudadano debía actuar considerando qué era lo más justo y conveniente para el país.
Se calcula que el ausentismo fue del 81,5%. El Obispo de León, Mons. René Sándigo, fue el único prelado que acudió a votar. Daniel Ortega fue reelegido por cuarta vez consecutiva con el 75% de los votos.
En marzo de 2022, el Nuncio Apostólico, Mons. Waldemar Stanislaw Sommertag, fue expulsado de Nicaragua. El Vaticano calificó de "incomprensible" esta decisión del régimen de Daniel Ortega.
Un obispo secuestrado
Tras ordenar la disolución de 100 ONG, la expulsión de las Misioneras de la Caridad y el cierre de varios medios de comunicación católicos, el gobierno puso la mira en el Obispo de Matagalpa, Mons. Rolando Álvarez, uno de sus más fuertes críticos.
Desde el 4 de agosto el Prelado estuvo recluido en la sede del Obispado con cinco sacerdotes, dos seminaristas y tres laicos.
Ese día, cuando la Iglesia celebraba a San Juan María Vianney, patrono de los párrocos, Mons. Álvarez salió con el Santísimo Sacramento y denunció que los policías enviados por Daniel Ortega no dejaban que sus sacerdotes y colaboradores entraran para celebrar la Misa en su capilla.
Luego de casi una hora de llamar al diálogo y al respeto a la Iglesia Católica, el Prelado reingresó y celebró la Eucaristía con sus asistentes.
Sin embargo, esa misma tarde, policías antimotines bloquearon el acceso al Obispado y no volvieron a dejar salir a Mons. Álvarez, quien solo recibió muestras de solidaridad del Episcopado local y de algunos países.
En la madrugada del 19 de agosto, policías de la dictadura de Ortega irrumpieron en la sede episcopal y se llevaron a Mons. Rolando Álvarez, junto con los sacerdotes, seminaristas y un laico que lo acompañaban.
Ese mismo día, la Conferencia Episcopal de Nicaragua manifestó que siente "con profundo dolor" la herida causada por la detención arbitraria del Obispo de Matagalpa, Mons. Rolando Álvarez.
Actualmente el Prelado se encuentra en prisión domiciliaria en la capital Managua, mientras que sus acompañantes fueron llevados a la cárcel conocida como El Chipote.
El 21 de agosto, luego del rezo del Ángelus dominical, el Papa Francisco dijo desde el balcón del Palacio Apostólico que sigue "con preocupación y dolor la situación que se ha creado en Nicaragua, que involucra a personas e instituciones".
El Pontífice expresó su "convicción y mi deseo de que por medio de un diálogo abierto y sincero se pueden todavía encontrar la bases para una convivencia respetuosa y pacífica".
La abogada Martha Patricia Molina Montenegro, integrante del Observatorio Pro Transparencia y Anticorrupción, publicó recientemente la investigación "Nicaragua: ¿una iglesia perseguida? (2018-2022)", que documenta 190 ataques y profanaciones contra la Iglesia Católica hasta mayo de este año.
Para expertos como Molina, no hay duda que "la dictadura" de Ortega "tiene una guerra frontal en contra de la Iglesia Católica de Nicaragua y su objetivo es eliminar por completo todas aquellas instituciones afines a la iglesia".
Esta nota fue actualizada el 23 de agosto de 2022 a las 16:30 (GMT -5) para añadir la detención de Mons. Rolando Álvarez y las reacciones del Episcopado nicaragüense y del Papa Francisco.
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