Cuando faltaban pocas horas para cumplirse un año del ataque en la Plaza de San Pedro, el Papa San Juan Pablo II fue víctima de otro atentado; esto ocurrió en la noche el 12 de mayo de 1982, pero esta vez en el Santuario de la Virgen de Fátima, en Portugal.
El autor fue el sacerdote español Juan Fernández Krohn, que tres años antes había sido ordenado por Mons. Marcel Lefebvre, fundador de la Fraternidad Sacerdotal San Pío X, institución que rechaza el Concilio Vaticano II y que desde 1988 está en cisma con la Iglesia Católica.
En el documental "Testimonio", el Cardenal Stanislaw Dziwisz, que fue secretario del Papa polaco y su más cercano colaborador durante casi 40 años, relató que San Juan Pablo II "verdaderamente deseaba realizar esa peregrinación hasta Nuestra Señora de Fátima para celebrar el primer aniversario del intento de asesinato" del turco Mehmet Alí Agca.
"Quería darle las gracias [a María] por salvar su vida, y le llevó la bala a la Madre de Dios de Fátima. La bala figura ahora en una corona de la Virgen", relató. San Juan Pablo II visitó Portugal del 12 al 15 de mayo de 1982.
Sin embargo, Fernández Krohn –que más adelante abandonaría el estado clerical–, había planificado asesinar al Papa y para ello había viajado desde París hasta el santuario mariano.
En un artículo del diario español ABC del 14 de mayo de 1982, el enviado especial, el periodista Martín Descalzo, relató que al escuchar el nombre del agresor recordó que había publicado unas declaraciones suyas "tan agresivas contra la Iglesia y el Vaticano que me sentí obligado a añadirles algunas apostillas aclaratorias, apostillas que me valieron una violenta respuesta del interesado, cuya agresividad le ha llevado hoy hasta las mismas puertas del crimen".