El 20 de julio de 2011 el Vaticano emitió un decreto que despojaba de los títulos de "Pontificia" y "Católica" a la PUCP, al señalar que a partir de 1967 la universidad modificó "unilateralmente sus Estatutos en diversas ocasiones perjudicando gravemente los intereses de la Iglesia".
Además, recordó que desde 1990 la Santa Sede pidió a la universidad varias veces que adecúe sus estatutos a la Constitución Apostólica Ex Corde Ecclesiae, "sin que haya respondido a esta exigencia legal". En una respuesta Rubio dijo que no podía realizar lo que se le requería.
"La participación de la Archidiócesis de Lima en el control de la gestión patrimonial de esta entidad ha sido confirmada en varias ocasiones con sentencias de los Tribunales civiles del Perú", indicó el decreto.
En su texto, el Vaticano señaló que se vio obligado "a adoptar las mencionadas medidas" debido a la actitud del centro de estudios, pero le recordó "el deber que sigue teniendo dicha Universidad de observar la legislación canónica".
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En entrevista con CNN el 25 de julio, Marcial Rubio acusó a las autoridades eclesiales de querer "apropiarse del manejo de los bienes de la universidad, que no son bienes de la Iglesia, son bienes de nuestra universidad, registrados debidamente ante las autoridades peruanas".
"Lo que hay aquí en esencia es un intento del Arzobispado de Lima de hacerse de la administración, y por tanto del manejo de los fondos económicos de la universidad, para así poder coartar decisiones", indicó.
Sin embargo, en 2011 el entonces Secretario de Estado, Cardenal Tarcisio Bertone, envió junto con el decreto una carta a Rubio Correa en la que señaló que "la situación irregular" de la PUCP "no es reciente y ha sido materia de seria preocupación de los tres últimos Arzobispos de Lima, no solamente del actual. La Universidad ha venido incumpliendo las disposiciones legales establecidas, que se ha advertido reiteradamente por escrito".
El Cardenal Bertone afirmó que "a la luz del Acuerdo vigente entre Perú y la Santa Sede y del Derecho Canónico consideramos que dichas modificaciones son ilegítimas y que a través de ellas se está ocasionando un expolio (robo) a la Iglesia".
Devolución de los títulos y nuevo canciller
En noviembre de 2016, la Secretaría de Estado del Vaticano emitió un decreto que devolvió los títulos de "Pontificia" y "Católica" a la universidad.