Asimismo, en julio de 2019 el obispo dijo que durante su visita pastoral a la comunidad de La Joya fue advertido por los campesinos de que unos hombres armados lo estaban vigilando.
Pese a los hostigamientos, el prelado continuó con su labor pastoral y en febrero de 2020 publicó un decálogo ético para los políticos de cara a las elecciones del 7 de noviembre del siguiente año.
En junio de 2021 llamó a la tolerancia, pues “Nicaragua vive serios y complejos conflictos”. Para ese entonces, la policía nicaragüense había confinado en sus casas a tres candidatos presidenciales y la principal candidata de la oposición, Cristina Chamorro, se encontraba bajo arresto domiciliario.
5. El secuestro y encarcelamiento de Mons. Rolando Álvarez
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Para 2022, la situación del Obispo de Matagalpa era más difícil ante el régimen de Daniel Ortega.
A mediados de mayo del 2022, el prelado inició una huelga de hambre debido a que el acoso policial también estaba afectando a su familia. Indicó que esta medida la mantendría hasta que se respetara la privacidad de su círculo familiar.
El 4 de agosto, Mons. Álvarez Lagos salió de su casa con el Santísimo Sacramento en la mano para denunciar que los policías no dejaban ingresar a sus sacerdotes y colaboradores para celebrar la misa en la capilla del obispado.
Luego de casi una hora de llamar al diálogo y al respeto a la Iglesia, el obispo reingresó y celebró la Eucaristía con sus colaboradores. Sin embargo, la policía antimotines bloqueó la puerta y los mantuvo cautivos hasta el 19 de agosto.
Esa madrugada, los policías irrumpieron en la sede episcopal y se llevaron a Mons. Álvarez, junto con los sacerdotes, seminaristas y el laico que lo acompañaban. El obispo fue trasladado a Managua.
Pese a las preocupaciones manifestadas por el Episcopado y el Papa Francisco, durante los meses siguientes el prelado continuó bajo la presión del régimen, que el 10 de febrero de 2023 lo condenó a 26 años y 4 meses de prisión acusándolo de “traición a la patria” y despojándolo de la ciudadanía nicaragüense.