El 23 de julio de 1991, San Juan Pablo II promulgó una bula por la que restauró la Diócesis de Alcalá de Henares, desgajada de la Archidiócesis de Madrid, de la que quedó como sufragánea desde entonces.
Con esta decisión, la zona este de la Comunidad de Madrid pasó a formar parte de la nueva diócesis, cuyos orígenes se remontan al siglo V de la era cristiana, cuando Asturio, Obispo de Toledo, tuvo una revelación sobre el lugar donde estaban enterrados los Santos Niños Justo y Pastor, cerca de la ciudad de Complutum.
Los Santos Justo y Pastor padecieron el martirio durante la persecución del emperador Diocleciano un siglo antes cuando contaban con 7 y 9 años respectivamente. Según la tradición, sus padres también fueron santos.
Sus restos fueron preservados de la invasión musulmana de la Península Ibérica a partir del siglo VIII, primero en Huesca y luego en Narbona (Francia). Desde el siglo XVI algunas reliquias regresaron a Alcalá, quedando la mayor parte en Huesca.
El Obispo Asturio mandó edificar una iglesia en el lugar señalado y estableció la nueva diócesis en el año 412 que se convirtió en centro de peregrinación por la devoción hacia los Santos Niños.
Según se refleja en el sitio web de la Diócesis de Alcalá de Henares, en 1088 se integró en el Arzobispado de Toledo, hasta que en 1885 formó parte de la Archidiócesis de Madrid-Alcalá.