San Francisco dio a su orden el nombre de "Frailes Menores" por humildad, pues quería que sus hermanos fuesen los siervos de todos y buscasen siempre los sitios más humildes. Con frecuencia exhortaba a sus compañeros al trabajo manual y, si bien les permitía pedir limosna, les tenía prohibido que aceptasen dinero. Pedir limosna no constituía para él una vergüenza, ya que era una manera de imitar la pobreza de Cristo. Sobre la excelsa virtud de la humildad, decía: "Bienaventurado el siervo a quien lo encuentran en medio de sus inferiores con la misma humildad que si estuviera en medio de sus superiores. Bienaventurado el siervo que siempre permanece bajo la vara de la corrección. Es siervo fiel y prudente el que, por cada culpa que comete, se apresura a expiarlas: interiormente, por la contrición y exteriormente por la confesión y la satisfacción de obra". El santo no permitía que sus hermanos predicasen en una diócesis sin permiso expreso del Obispo. Entre otras cosas, dispuso que "si alguno de los frailes se apartaba de la fe católica en obras o palabras y no se corregía, debería ser expulsado de la hermandad". Todas las ciudades querían tener el privilegio de albergar a los nuevos frailes, y las comunidades se multiplicaron en Umbría, Toscana, Lombardia y Ancona.
Se cuenta que en 1216, Francisco solicitó del Papa Honorio III la indulgencia de la Porciúncula o "perdón de Asís". El año siguiente, conoció en Roma a Santo Domingo, quien había predicado la fe y la penitencia en el sur de Francia en la época en que Francisco era "un gentilhombre de Asís". San Francisco tenía también la intención de ir a predicar en Francia. Pero, como el cardenal Ugolino (quien fue más tarde Papa con el nombre de Gregorio IX) le disuadiese de ello, envió en su lugar a los hermanos Pacífico y Agnelo. Este último había de introducir más tarde la Orden de los frailes menores en Inglaterra. El sabio y bondadoso cardenal Ugolino ejerció una gran influencia en el desarrollo de la Orden. Los compañeros de San Francisco eran ya tan numerosos, que se imponía forzosamente cierta forma de organización sistemática y de disciplina común. Así pues, se procedió a dividir a la Orden en provincias, al frente de cada una de las cuales se puso a un ministro, "encargado del bien espiritual de los hermanos; si alguno de ellos llegaba a perderse por el mal ejemplo del ministro, éste tendría que responder de él ante Jesucristo". Los frailes habían cruzado ya los Alpes y tenían misiones en España, Alemania y Hungría.
El primer capítulo general se reunió, en la Porciúncula, en Pentecostés del año de 1217. En 1219, tuvo lugar el capítulo "de las esteras", así llamado por las cabañas que debieron construirse precipitadamente con esteras para albergar a los delegados. Se cuenta que se reunieron entonces cinco mil frailes. Nada tiene de extraño que en una comunidad tan numerosa, el espíritu del fundador se hubiese diluido un tanto. Los delegados encontraban que San Francisco se entregaba excesivamente a la aventura y exigían un espíritu más práctico. Es que así les parecía lo que en realidad era una gran confianza en Dios.
El Santo se indignó profundamente y replicó: "Hermanos míos, el Señor me llamó por el camino de la sencillez y la humildad y por ese camino persiste en conducirme, no sólo a mí sino a todos los que estén dispuestos a seguirme... El Señor me dijo que deberíamos ser pobres y locos en este mundo y que ése y no otro sería el camino por el que nos llevaría. Quiera Dios confundir vuestra sabiduría y vuestra ciencia y haceros volver a vuestra primitiva vocación, aunque sea contra vuestra voluntad y aunque la encontréis tan defectuosa".
Francisco les insistía en que amaran muchísimo a Jesucristo y a la Santa Iglesia Católica, y que vivieran con el mayor desprendimiento posible hacia los bienes materiales, y no se cansaba de recomendarles que cumplieran lo más exactamente posible todo lo que manda el Santo Evangelio.
Recursos sobre San Francisco de Asis:
- Nacimiento y vida familiar
- Renuncia a la herencia de su padre
- Nueva orden religiosa y visita al Papa
- La Porciúncula
- Santa Clara
- La humildad y obediencia
- Misionero ante el Sultán
- Los Estigmas
- La hermana Muerte
- La Porciúncula, en la Basílica de Nuestra Señora de los Ángeles
- Oración por la paz
- Oración a la Virgen