1. En este día en cada iglesia, la Misa es única. La Misa «en la Cena del Señor celébrese por la tarde, en la hora más oportuna, para que participe plenamente toda la comunidad local...Según una antiquísima tradición de la Iglesia, en este día están prohibidas todas las Misas sin pueblo» .
Sólo con permiso del Ordinario del lugar se puede celebrar otra Misa por la tarde o incluso por la mañana pero sólo en caso de verdadera necesidad y cuando el bien espiritual de los fieles así lo exija.
2. El Sagrario aparece abierto y vacío. La comunión de hoy se hace del pan consagrado en la misma Eucaristía. Se han de consagrar en esta Misa las hostias necesarias para la comunión de los fieles y para que el clero y los fieles puedan comulgar el día siguiente, Viernes Santo, en la celebración de los oficios de la Pasión del Señor.
3. El "Gloria" se canta con solemnidad. Por ello mientras se canta este himno, se hacen sonar las campanas que ya no se vuelven a tocar hasta el "Gloria" de la Vigilia Pascual.
4. Las lecturas de la Palabra de Dios de esta Misa, tienen una buena conexión entre ellas: Ex 12 nos habla de la cena pascual de Israel; 1 Cor 11 de la Institución de la Eucaristía, y Jn 13 del mandato y el ejemplo del amor servicial de Señor Jesús. En la homilía hay que recordar los misterios que recuerda esta Misa, es decir la Institución de la Eucaristía, la institución del Orden Sacerdotal y el mandamiento del Señor Jesús sobre la caridad fraterna.
5. El lavatorio de los pies, no debe omitirse. Según la tradición se hace en este día a doce hombres previamente designados y representativos de la comunidad. Significa el servicio y el amor del Señor Jesús que ha venido "no para ser servido, sino para servir" (Mt 20,28). Es un hermoso sacramental que complementa y explicita lo que es la Pascua y el sentido profundo de este día del Jueves Santo.
El gesto del lavatorio de los pies, que recoge el evangelista San Juan, lo ve el discípulo amado como la inauguración del camino pascual de Cristo. Donde en verdad mostró el Señor su actitud de servicio fue en la Cruz. Allí no se despojó del manto, sino de la vida misma, "se despojó de su rango" y demostró que era "el que sirve" y el que se entrega por los demás porque "no hay amor más grande que el dar la vida por los amigos". Con el gesto del lavatorio de los pies adelantaba en símbolo (luego lo haría de otro modo más entrañable y eficaz con el pan partido y el vino repartido, la donación de su Cuerpo y su Sangre en la Eucaristía) lo que iba a hacer en la Cruz.
El lavatorio de los pies hay que hacerlo con autenticidad. No sólo con unas gotas, sino lavando, secando y luego besando los pies, de modo que exprese bien la lección que nos dio el Señor Jesús: el amor fraterno, el servicio para con todos, la reconciliación.
6. En la procesión de dones, se destacan hoy más que nunca, el pan y el vino que la comunidad aporta y que constituyen la materia para el sacramento de la eucaristía. Además es altamente recomendable que se puedan llevar «los donativos para los pobres, especialmente aquéllos que se han podido reunir durante la Cuaresma como fruto de la penitencia, mientras se canta "Ubi cháritas et amor"» .
7. La Plegaria Eucarística más indicada para hoy es la primera, el Canon Romano, por la rica expresividad de sus textos. Asimismo el prefacio que se recomienda usar es el I de la Eucaristía.
8. Hoy es un día muy adecuado para enviar la comunión a los enfermos, expresivamente tomándola del altar, delante de todos, en el momento de la comunión de Eucaristía comunitaria: «así pueden unirse los enfermos de un modo más intenso a la Iglesia que celebra» .
9. Una vez concluida la Misa del Jueves Santo se procede a reservar el Santísimo Sacramento. Si en la iglesia hay capilla del Santísimo, es lógico hacer allí la reserva, o sea, donde se hace siempre. Esto ayuda a recordar a la comunidad que siempre existe la reserva del Santísimo, que la Eucaristía es también el sacramento de la presencia real del Señor Jesús, y que por amor a nosotros se queda para ser el Dios con nosotros cumpliendo así con su promesa: "Yo estaré con vosotros todos los días hasta el fin del mundo" (mt 28,20). La capilla deberá estar adornada con flores y cirios. Si en la iglesia no hubiese una capilla del Santísimo entonces se deberá preparar en un lugar adecuado, el lugar de la reserva, el que estará convenientemente adornado para que invite a la adoración, a la meditación y a la oración de los fieles
Al respecto las normas litúrgicas dicen lo siguiente:
«Terminada la oración después de la comunión, comienza la procesión, presidida por la cruz en medio de cirios e incienso, en la que se lleva el Santísimo Sacramento por la iglesia hacia el lugar de la reserva. Mientras tanto se canta el himno "Pange lingua" u otro canto eucarístico ... El Sacramento ha de ser reservado en un sagrario o en una urna. No ha de hacerse nunca una exposición con la custodia u ostensorio. El sagrario o la urna no han de tener la forma de un sepulcro. Evítese la misma expresión "sepulcro": la capilla de la reserva no se prepara para representar "la sepultura del Señor" sino para conservar el pan eucarístico destinado a la comunión del viernes de la Pasión del Señor. Invítese a los fieles a una adoración prolongada durante la noche del Santísimo Sacramento en la reserva solemne, después de la Misa en la Cena del Señor. En esta ocasión es oportuno leer una parte del Evangelio de San Juan (capítulos 13-17). Pasada la media noche, la adoración debe hacerse sin solemnidad, dado que ha comenzado ya el día de la Pasión del Señor» .
10. Terminada la Santa Misa se despoja el altar en el cual se ha celebrado. Conviene que las cruces que haya en la iglesia se cubran con un velo de color oscuro o morado. No se deben encender velas o lámparas ante las imágenes de los santos.